Paper Analysis Workflow

目标与适用范围 #

论文存档的首要目标是帮助读者解释核心机制、判断证据支持到什么程度，并把得到的认识用于新的问题。归档保留的是经过理解和检验的判断；出处承担查证功能，作者与文献沿革承担补充功能。隐藏原文编号后，正文仍应完整成立。

本 SOP 适用于单篇论文、技术报告、模型卡、已发表综述、博客和框架文档。当前契约为 Workflow version: v3，使用 Paper Note Template。研究方向综述、进展或时间线使用 Research Synthesis Workflow 和 Research Mainline Template。

阅读深度由核心问题、解释缺口和结论风险决定。篇幅以读者能复述机制、评估判断和理解适用条件为准；不以原文页数、标题、公式或引用数量安排篇幅。

执行入口 #

先确定阅读问题、材料身份与版本、交付方式。能够据上下文确定时直接执行；只有歧义会改变分析对象、核心判断或写入范围时询问。

交付方式	触发与结果
analysis-only	分析、总结、解释或单篇比较：读取必要来源并回答，不修改仓库。局部问题按其范围处理；整篇分析执行完整科学流程。
archive-core	归档、建档、保存，或要求提交尚未归档的分析：完成核心阅读，写笔记、索引和标签，验证后本地提交。已有提交的 push 请求按 Git 规则处理。
enrichment	用户点名，或来源冲突、实现、审稿、身份问题会改变核心判断时，补充对应证据；不单独授予写入权限。

未指定问题时默认回答：论文增加了什么认识，这种认识靠什么成立，它会怎样影响后续研究或设计选择。允许负面结果、证据不足和没有可靠的新迁移判断。

阅读与归档流程 #

1. 确定问题、版本与核心主张 #

从规范来源确认标题、版本、公开日期和责任主体，检查本地是否已有同一材料。arXiv 使用 abstract 页面确认身份、明确版本的 PDF、HTML 或 source 阅读正文；代码与网页固定 release、tag、commit，无法固定时记录观察日期。不同版本的正文、附录、代码与评测逐项区分。

先浏览摘要、贡献、方法总图、主要结果与局限，建立简短的问题与主张记录：现有方法受什么限制，作者改变了什么，哪些结果决定其贡献。每项核心主张先判断需要什么证据，再读取对应内容。必要的简单基线和强基线用于理解区别性贡献；新颖性只比较实际核验的工作，未独立核验的“首次”保留作者归因。

工作记录区分设计事实、观察或证明、作者解释、本地判断。此时暂不填公开模板，也不把原文章节清单当成成文提纲。

2. 重建机制，走通实例 #

用核心问题组织“问题—关键变化—作用机制—结果”。从输入或假设开始，解释完整执行链或论证链。多阶段方法写清角色、状态、传递对象、更新关系和最终输出；理论写清定义、量词、实质假设和关键推导依赖。辅助贡献按其对核心问题的作用展开，技术分支可进入补充材料。

对关键步骤追问：为什么需要它，去掉或替换它会改变什么？作者已经验证的理由、作者提出的解释和阅读者的推论分别表述。同名模型、训练与推理版本、冻结与更新对象先消歧；检查额外监督、目标泄漏、oracle 信息和未计入的成本。

机制解释完成两层复述：

1. 贡献与方法总览 独立解释首要贡献、必要辅助贡献、完整链条、关键对象的角色与最终输出或训练信号。
2. 必要详解进一步解释关键操作、设计理由、成立条件，并用可对应原定义的实例走通机制或关键论证。示意实例明确区别于实测，源材料未披露的步骤就近说明。

总览的编号、位置和阶段拆分按解释需要决定。公式先解释它要解决的局部问题，之后说明变量、信号方向、实现后果或适用条件。影响机制和判断的公式与细节必须保留；原文逐式推导不自动成为正文交付要求。

3. 逐项判断证据支持范围 #

围绕主张选择证据，集中读取会影响核心判断的结果、对照、消融、失败设置和必要附录。每项核心证据需要回答以下问题，答案可以写成连贯自然段或便于比较的表格：

• 实际测量或证明了什么？比较对象、设置、指标及分母是什么？
• 对照改变和固定了什么？是否混入数据、容量、计算或调参差异？
• 结果能区分哪些解释，哪些相关替代解释仍未排除？
• 在这些条件下，证据足以支持什么结论，尚有什么未知？

正文先说明判断，再解释证据与推理。使用“证据支持的结论及范围”完整表达已经建立的贡献，同时保留改变真值的条件。可以说明支持、部分支持、尚不能判断或存在反证的具体原因；不把这些逐主张判断合成无依据的整篇评分，也不把条件性正面结果一概收缩成“无法说明任何问题”。

实验关注效果大小、独立实验单位、重复与误差范围、数据划分、选择协议和预算；理论关注假设、量词、证明依赖、上下界及存在性、可学习性、实际算法保证的区别；系统结果关注实测口径、完整执行边界和资源归因。细则按主张启用 internal/paper-analysis-modules.md，不要求为每篇搜齐全部字段。

机制构造、性能变化、原因识别与跨场景有效分别判断。多变量消融只能识别相应联合变化，相关性探针属于机制线索；未匹配算力的结果仍可支持相应配置比较。未披露、未读取、无法访问、未支持和已证伪分别记录，缺口只约束受影响的主张。

4. 抽象关系，主动检验迁移 #

每篇完整分析都执行这一步。去掉论文专属名称，保留决定结果的关系：任务如何分解、信息如何流动、误差如何产生、学习规则如何匹配目标、约束如何改变可行选择。抽象后仍应能映射回论文中的具体操作与证据，避免泛化成任何论文都适用的提醒。

主动寻找目标场景，并检查：

原论文中的机制 → 保留的抽象关系 → 目标中的对应对象 → 预期变化 → 失效条件或否定预测的观察。

同领域改变数据分布、预算、学习规则或模型结构也可构成迁移。比较时说明哪些关系相同、哪些条件已经改变；表面名称相似不足以支持推论。新颖类比可以作为假设提出，证据等级如实标注。

归档区分有直接依据的认识、有前提的迁移推论和待验证假设。可用一个新场景与一个条件变化检查理解，不强制固定案例数、领域跨度、段落或启发数量。不编造读者以前持有的观点；有实际对话或来源支持的认识变化才归因到该原有判断。

抽象与迁移 记录本篇新增的区分、可复用判断及其适用范围。尚无可靠迁移结论时，说明缺少哪种机制或证据、因此无法作出哪种判断，不强造启发。执行这一步不要求安装环境或实际运行新实验，未运行的验证设计明确写为待验证。

5. 按理解顺序成文 #

analysis-only 直接回答问题，再解释机制、证据与适用条件。局部请求不套整篇模板。

archive-core 的阅读主干按下列顺序组织；每篇的具体小标题按内容命名：

内容	归档位置与交付结果
核心判断	一句话结论：本文带来的认识及决定其真值的条件，与索引核心信号对齐。
问题与机制	论文脉络：首要贡献、完整链条、必要详解和对应实例。
证据与判断	证据与结论：按核心主张解释实际结果、比较与替代解释、证据支持的结论及范围。
可迁移认识	抽象与迁移：抽象关系、目标场景、预测与失败条件，或尚不能形成可靠迁移判断的原因。
来源与补充	Source 放在阅读主干之后；作者、相关工作与必要技术细节按内容在后续章节补充。

证据与结论 兼容旧结果章名称，但 v3 不要求显式填写 证据定位、观察、判别性与局限、支持的最窄结论 四行。相关科学问题仍须回答。条件性局限在受影响的机制、证据或迁移判断附近解释；需要综合时另设局限章，避免重复展开。

引用紧邻被支持的判断，优先用描述证据内容的链接文字。原文定理、算法、章节和图表编号保留在定位信息中；专门讨论某个定理本身时可显式使用编号。正文不以编号串联代替思想、作用和条件。引用定位精确到所读版本的章节、图表、定理、页码或代码位置，来源首页只用于确认材料身份。

同一结果在一个主要位置完整展开，其他位置简短引用已有解释。作者与关系、跨论文关系不作为 v3 独立必填章节。作者块和论文时机构保留在来源或补充资料中，执行本地重名、别名与已有 profile 检查；无可靠跨论文关系时省略相应章节。

决定贡献差异或对照有效性的前序工作进入核心分析，文献沿革与延伸阅读放在补充部分。跨论文联系区分作者引用、方法继承与本地比较，不由共同作者或相似名称推断方法关系。普通作者只复用已有 profile；外部作者增强按“指定作者 × 指定字段”启用，完整档案和代表论文请求按维护 SOP 处理。新论文不会自动更新旧笔记或研究主线。

关键图按解释价值决定，在讨论其机制或结果的位置嵌入带 Image Source 的本地图片，保留坐标、图例、条件与来源。文字或表格足以完成解释时可以 omit 并说明理由。用户明确要求的图片属于交付范围。

6. 完成科学验收 #

主执行者完成一次合并自审，发现问题后复查受影响部分：

• 理解：隐藏引用编号后能复述贡献、关键对象与完整链条，并走通关键实例；只能复述术语或结果数字时，返回机制解释。
• 证据：每个重要判断能指出直接依据，解释比较口径、相关替代解释和成立条件；贡献表达既不过度推广，也不遗漏已建立的结果。
• 迁移：改变关键条件后能指出受影响的环节，并提出有理由的预测或明确未知；预测依据不足时标为假设或撤回。
• 来源与范围：版本、阅读缺口、来源定位、实际启用的增强范围与审阅状态符合事实和授权。

结构检查通过只表示相应结构和数据约束满足。机器不通过关键词计数、字段数量或引用数量判断科学质量；语义正反例见分析模块。存在核心证据冲突、结论高风险或用户要求独立复核时，可启用范围限定到争议主张的独立审查者。

7. 归档、提交与后续维护 #

科学验收后更新论文文件、唯一索引行、标签、来源图片和审阅状态，执行仓库检查，审查暂存差异并创建本地 commit。只有明确要求时 push。已有笔记修订保留首次归档时间和原审阅历史。

后续交流在归档授权下更新其影响的机制、证据、局限、关系或抽象迁移。v3 的稳定认识集中在 抽象与迁移，不并行维护重复的 主要启发 或 本地讨论补充。旧笔记仅因事实纠错、核心结论变化或用户明确要求维护时迁移；普通新增论文不触发跨库整理。

来源缺口、检索与停止条件 #

补充检索须对应尚未解决的问题。先读同版本正文和必要附录，再取直接相关的一手材料。摘要、搜索片段和自动结构化报告可用于导航；核心方法和判断须回到原始内容核验，不能因工具返回“报告”就视为已读全文。相关代码链接也需确认属于该论文及所读版本。

实现细节会改变判断时可只读代码；精确复现、环境安装、长时间计算和有外部副作用的执行按已授权范围处理。作者档案、公开账号、完整审稿和引用扩展不自动扩大任务。

核心问题已回答、关键机制能复述、直接证据和主要替代解释已处理、抽象迁移已完成有界判断时停止检索。搜索轮数、来源数量与空结果均不能单独证明充分性；没有新证据时不反复改写同一查询。

来源状态	处理方式
原材料未披露	绑定到受影响主张，说明还能判断什么。
关键材料尚未读到	补读，不把未读写成未披露。
来源不可访问	尝试官方替代；仍不可用时记录已读范围与未验证内容。
核心证据冲突	保留各自版本、设置与结果；无法解释时保留未解决状态。
缺口阻止回答	交付已确定部分和所需最小材料，不宣称完成整篇分析。

用户明确要求保存不完整材料时，按有限结论归档，在 Reading scope 和核心判断中说明影响。只有摘要时不能写成已核验完整方法。

Source 与审阅状态 #

必填来源字段为 Workflow version: v3、Material type、Analysis modules、Canonical source、Title、Authors 或 Responsible organization、公开日期、所读版本、Accessed、Reading scope、图片决定和公开审稿状态。材料类型与模块枚举见模板。Reading scope 用短句说明实际读过的正文、附录或代码范围，以及影响判断的未读或访问缺口；不宣称未执行的复现。

公开审稿与本地用户确认分别记录。公开状态不要求固定次数的搜索，按用户问题或可信度缺口决定是否检索：

- Review status: page-type=not-checked; match-confidence=not-applicable; observed-at=YYYY-MM-DD; venue-status=unknown

page-type	含义与记录方式
not-checked	未核验外部评审；不能据此声称不存在评审。
not-found	实际检索未找到可靠匹配；补充 Review lookup，简记服务、查询与范围。结论限于本次检索。
unavailable	候选来源访问失败；Review lookup 记录目标与失败原因。
metadata-only / proceedings / commentary	分别只读元数据、正式出版记录或非正式评论；补充 Review evidence 定位对应 URL 与已读范围。
official-review	实际读到正式评审、meta-review 或 decision；增加审稿分析章，写明已读材料与直接定位、主要质疑、作者回应及对结论的影响。
not-applicable	材料不适用学术评审，注明材料身份。

match-confidence 表示候选材料与本文的身份匹配程度；有已读页面时用 high、medium 或 low，not-checked、not-found、unavailable、not-applicable 时用 not-applicable。observed-at 是状态记录日期，venue-status 只写来源支持的出版状态，未知写 unknown。状态不能证明内容正确。

审稿章的 已读材料 必须区分 decision、meta-review、选读 review 和 rebuttal。只读 decision 时不推断 reviewer 共识；未读回应写“未读取”，已读范围中没出现回应写“未在已读材料中披露”。是否继续读由质疑对核心判断的影响决定。

头部使用分钟精度的 First-Archived-At、Updated-At、Review-Status: pending。v3 允许同一分钟归档多篇，身份由 slug 区分，排序沿用 slug 决胜；时间如实记录。用户明确确认后改为 approved 并记录 Reviewed-At；后续修订保留原有 Review-Status 和 Reviewed-At。approved 表示曾获用户确认，不代表之后的每次修订都获确认。实质内容变化更新 Updated-At，纯排版、拼写和不改变来源身份的链接维护保留时间；审阅动作只更新审阅字段。

维护与兼容 #

阅读与科学判断的规范来源为本 SOP；模板只提供可填写骨架；条件分析细则归 internal/paper-analysis-modules.md；路径、标签、作者数据、公式图片、删除与验证细则归 internal/paper-archive-maintenance-sop.md。AGENTS.md 保存执行边界和路由，历史设计文档只记录决策背景。

新笔记使用修订后的 v3。现有 v3 笔记随本次契约修订完成正文迁移；既有 legacy、v2、v2.1 按冻结范围继续校验；v2.1 集合记录在 internal/paper-workflow-v21-slugs.json，只能随迁移缩减，不能加入新材料；验证器固定对应的 Updated-At，时间变化即要求迁移。旧笔记达到实质回写条件时迁移到 v3；单纯排版维护沿用原契约。原 paper-workflow-method-overview-baseline.json 只服务未迁移 v2.1 的兼容检查，迁移时移除对应记录。迁移保留来源事实、用户判断、首次归档时间与原审阅历史，不批量重写现有论文。

后续交流在取得归档授权后按语义进入当前笔记的机制、证据、局限、跨论文关系或抽象迁移，不新增 本地讨论补充。删除论文仍须精确路径的二次确认，并同步处理索引、标签、受影响关系、主线引用及无剩余论文关联的作者 profile；orphan-author-profile 为硬错误。

强制契约变更须在同次改动中对齐 AGENTS.md、SOP、模板、验证器、测试与至少一个新契约 fixture 或真实 canary。自动规则只检查可确定的结构和数据约束；新增语义要求提供人工验收问题与正反例，不用关键词数量代替。历史兼容测试继续运行，新增规则不能迫使无关笔记改写。

安全与双用途材料保留机制、风险、评测和防御启发，省略可直接滥用的操作细节；所省略内容影响理解时说明披露边界。

流程参考及采用范围 #

来源	本流程采用的部分	适用边界
Keshav：How to Read a Paper	分层阅读，尝试从假设重新构造工作并识别理解缺口。	阅读方法建议，不机械套用固定时长。
NeurIPS Paper Checklist	主张与结果匹配，明确假设、实验设置、不确定性与资源口径。	透明度检查帮助判断，字段齐全不证明科学结论正确。
Gentner 等：Learning and Transfer	主动比较案例中的关系，帮助形成可迁移结构。	直接实验涉及谈判学习；用于论文阅读是本流程的设计借鉴，迁移收益仍需观察。
alphaXiv OpenResearch 文献阅读规范	按具体缺口检索，读后引用，区分发现来源与核验主张。	2026-09-05 读取该版本；其默认结构化报告只作导航，检索轮数限制不替代证据充分性判断。

这些来源分别帮助组织阅读、检验证据和设计迁移检查；本流程的完整组合尚无独立学习效果测量。